Recursos: Octopus

Contenido

  1. ¿Qué es Octopus?
  2. Página Web de Octopus
  3. ¿Cómo compilar Octopus 5.0.0 (Versión de desarrolladores)?
    1. En Ubuntu 14.04 LTS
      1. Preparación del sitema operativo
      2. Instalación de las bibliotecas básicas requeridas
      3. Lipieza de bibliotecas en desuso
      4. Compilación de bibliotecas científicas
      5. Descarga de Octopus a través de SVN
      6. Preparación de la configuración de Octopus
      7. Compilación y chequeo Octopus
      8. Creación de rutas del sistema para Octopus

¿Qué es Octopus?

Octopus es un programa científico dirigido a la experimentación virtual ab initio en una gama cada vez más amplia de tipos de sistemas. Los electrones se describen mecanico-cuánticamente dentro de la teoría del funcional de la densidad (DFT), y en su forma dependiente del tiempo (TDDFT) al hacer simulaciones en el tiempo. Los núcleos se describen clásicamente como partículas puntuales. La interacción electron-núcleo se describe dentro de la aproximación de pseudopotenciales.

Para una ejecución de óptimo rendimiento, Octopus ha sido paralelizado usando MPI y OpenMP y puede escalar a decenas de miles de procesadores. También soporta ejecución en unidades de procesamiento gráfico (GPU) a través de OpenCL.

Octopus es un programa gratuito, lanzado bajo licencia GPL, por lo que se pueden descargar, usarlo y modificarlo libremente.

Soy desarrollador de Octopus de nivel primate. Mi trabajo se ha relacionado principalmente con la implementación de corrección de Tkatchenko-Scheffler para interacciones de van der Waals en aproximaciones estándar al funcional de la densidad.

Página Web de Octopus

Para encontrar información más detallada acerca de Octopus, vaya a: OctopusWiki - TDDFT.org

¿Cómo compilar Octopus 5.0.0 (Versión de desarrolladores)?

Tal vez, la parte más difícil de usar Octopus es compilarlo correctamente.

En Ubuntu 14.04 LTS

Este es un método eficaz para compilar Octopus en Ubuntu Desktop 14.04 LTS. Se basa en la sección "slow instructions" del manual de Octopus, y fue probada por última vez el 14 de septiembre de 2015:

Preparación del sitema operativo

Asegúrese de que su sistema está al día.

sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade
sudo apt-get dist-upgrade

Instalación de las bibliotecas básicas requeridas

Instale los compiladores.

sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install gfortran

Instale las bibliotecas de matemáticas

sudo apt-get install libatlas-dev
sudo apt-get install libblas-dev
sudo apt-get install liblapack-dev

Instale la biblioteca Fast Fourier Transform 3.

sudo apt-get install libfftw3*

Install SVN.

sudo apt-get install subversion

Lipieza de bibliotecas en desuso

Limpie el sistema.

sudo apt-get autoremove
sudo apt-get autoclean
sudo apt-get clean

Compilación de bibliotecas científicas

Compile la biblioteca cietífca de GNU.

cd /tmp/
sudo -s
wget ftp://ftp.gnu.org/gnu/gsl/gsl-1.9.tar.gz
tar -xvf gsl-1.9.tar.gz
cd gsl-1.9/
./configure
make
make install
exit

Además de instalar la biblioteca Fast Fourier Transform 3, también necesitará compilar la versión 3.3.4.

cd /tmp/
sudo -s
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.4.tar.gz
tar -xvf fftw-3.3.4.tar.gz
cd fftw-3.3.4/
./configure
make
make install
exit

Compile la biblioteca XC.

cd /tmp/
sudo -s
wget http://www.tddft.org/programs/octopus/down.php?file=libxc/libxc-2.1.2.tar.gz
mv down.php\?file\=libxc%2Flibxc-2.1.2.tar.gz libxc-2.1.2.tar.gz
tar -xvf libxc-2.1.2.tar.gz
cd libxc-2.1.2/
./configure
make
make install
exit

Descarga de Octopus a través de SVN

Cree un directorio para descargar el código fuente de Octopus.

cd ~/
mkdir ~/Installers
mkdir ~/Installers/Octopus-5.0.0

Obtenga la última versión de Octopus usando SVN.

cd ~/Installers/Octopus-5.0.0/
svn co http://www.tddft.org/svn/octopus/trunk
cd ~/Installers/Octopus-5.0.0/trunk/
autoreconf -i

Preparación de la configuración de Octopus

Busque en qué parte de su sistema están ubicadas las bibliotecas relevantes.

whereis libblas.a liblapack.a libfftw3.a

Exporte los correspondientes indicadores para el script configure.

export LIBS_BLAS=/usr/lib/libblas.a
export LIBS_LAPACK=/usr/lib/liblapack.a
export LIBS_FFT=/usr/local/lib/libfftw3.a

Compilación y chequeo de Octopus

Compile Octopus.

./configure --prefix=$HOME/octopus --with-gsl-prefix=/usr/local --with-libxc-prefix=/opt/etsf
make clean
make
make install

Verifique la instalación mediante los archivos de pruebas precargados.

make check

Creación de rutas del sistema para Octopus

Cree rutas de sistema para los binarios de Octopus en su .profile.

export PATH="~/octopus/bin:$PATH"