Octopus es un programa científico dirigido a la experimentación virtual ab initio en una gama cada vez más amplia de tipos de sistemas. Los electrones se describen mecánico-cuánticamente dentro de la teoría del funcional de la densidad (DFT), y en su forma dependiente del tiempo (TDDFT) al hacer simulaciones en el tiempo. Los núcleos se describen clásicamente como partículas puntuales. La interacción electrón-núcleo se describe dentro de la aproximación de pseudopotenciales.
Para una ejecución de óptimo rendimiento, Octopus ha sido paralelizado usando MPI y OpenMP y puede escalar a decenas de miles de procesadores. También soporta ejecución en unidades de procesamiento gráfico (GPU) a través de OpenCL.
Octopus es un programa gratuito, lanzado bajo licencia GPL, por lo que se pueden descargar, usarlo y modificarlo libremente.
Soy desarrollador de Octopus de nivel primate. Mi trabajo se ha relacionado principalmente con la implementación de corrección de Tkatchenko-Scheffler para interacciones de van der Waals en aproximaciones estándar al funcional de la densidad.
Para encontrar información más detallada acerca de Octopus, vaya a: OctopusWiki - TDDFT.org
Tal vez, la parte más difícil de usar Octopus es compilarlo correctamente.
Este es un método eficaz para compilar Octopus en Ubuntu Desktop 14.04 LTS. Se basa en la sección "slow instructions" del manual de Octopus, y fue probada por última vez el 14 de septiembre de 2015:
Asegúrese de que su sistema está al día.
Instale los compiladores.
Instale las bibliotecas de matemáticas
Instale la biblioteca Fast Fourier Transform 3.
Install SVN.
Limpie el sistema.
Compile la biblioteca científica de GNU.
Además de instalar la biblioteca Fast Fourier Transform 3, también necesitará compilar la versión 3.3.4.
Compile la biblioteca XC.
Cree un directorio para descargar el código fuente de Octopus.
Obtenga la última versión de Octopus usando SVN.
Busque en qué parte de su sistema están ubicadas las bibliotecas relevantes.
Exporte los correspondientes indicadores para el script configure.
Compile Octopus.
Verifique la instalación mediante los archivos de pruebas precargados.
Cree rutas de sistema para los binarios de Octopus en su .profile.